조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고
제2020-127호 / 법률 / 일부개정 / 기획재정부 / 2020-07-23~2020-08-12
⊙기획재정부공고제2020-127호
「조세특례제한법」을 개정하는 데에 있어, 그 개정이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2020년 7월 23일
기획재정부장관
조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고
1. 개정이유
코로나바이러스감염증-19 피해를 조기에 극복하고, 경제 활력을 제고하기 위하여 각종 시설투자세액공제를 통합·재설계하여 통합투자세액공제를 신설하고, 조세특례제한법 상 세액공제의 이월공제기간을 대폭 확대하며, 사회간접자본(SOC)에 대한 투자 활성화를 위하여 투융자집합투자기구에서 발생한 배당소득을 분리과세하는 과세특례 제도를 신설하고, 신용카드등 사용금액에 대한 소득공제 한도를 한시적으로 상향하여 국내소비 촉진을 유도하며, 국내복귀기업에 대한 세액감면 요건을 완화하고, 유망 중소 소재·부품·장비기업 출자에 따른 주식 등 양도차익 비과세 제도 및 증시안정펀드에 대한 금융회사의 안정적 투자를 지원하기 위한 세액공제 제도를 신설하는 한편, 저소득 가구 및 서민·중산층 지원을 위하여 중증장애자녀 부양가구의 근로장려금을 확대하고 근로 자녀장려금 대상자가 신청을 누락하는 경우 과세관청이 직권으로 신청할 수 있는 법적근거를 마련하며, 고령자에 대한 고용증대세제 공제액을 인상하여 고령자의 고용을 지원하고, 개인종합자산관리계좌의 가입대상·계약기간·납입한도 완화 등을 통해 서민ㆍ중산층의 자산형성을 지원하며, 환경규제강화에 따른 선박의 유류비 부담 경감을 위한 연안화물선용 경유에 대한 유류세 감면제도를 신설하려는 것임. 또한 과세형평 제고와 과도한 조세감면 방지를 위하여 조합법인 과세특례대상에서 대규모 조합법인은 제외하고, 개인유사법인의 유보소득 중 일부를 배당으로 간주하여 과세함으로써 법인을 통한 소득세 회피를 방지하며, 지방이전기업 세액감면에 대한 감면한도를 신설하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
2. 주요내용
< 중소기업에 대한 조세특례 >
가. 중소기업에 대한 특별세액감면 지원 대상 업종 간 형평성 제고를 위하여 ‘통관 대리 및 관련서비스업’을 대상에 추가하되 감면율은 물류산업의 50% 수준으로 적용하고, 전기차 50% 이상보유 자동차대여업자는 별도 항목으로 구분하지 않고 업종별 구분에 포함하여 세액감면을 적용하며, 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
나. 중소·중견기업의 원활한 납품대금 수령을 지속 지원하기 위하여 상생결제 지급금액에 대한 세액공제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
< 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >
다. 벤처투자 지원을 위하여 중소기업창업투자회사 등이 벤처기업 등에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 등에 대한 비과세 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
라. 중소기업창업투자회사 등이 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 중소기업에 2022년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 등에 대해 비과세하는 특례제도를 신설함.
마. 창업자등에 대한 출자 주식의 소득공제, 양도소득세 비과세 및 벤처투자조합등의 원천징수 특례의 적용기한을 2년 연장함.
바. 벤처기업 출자자에 대한 제2차 납세의무 면제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
< 투자촉진을 위한 조세특례 >
사. 기업투자 활성화를 지원하기 위하여 중소기업등 투자세액공제와 특정시설 투자세액공제 등을 통합투자세액공제로 통합하여 일원화하고, 세액공제 대상이 되는 자산의 범위를 원칙적으로 모든 사업용 유형자산으로 확대하며, 당해연도 투자액에 대한 기본공제에 더하여 직전 3년 평균을 초과하여 투자한 금액에 대해서는 기본공제액의 200%를 초과하지 않는 범위 내에서 추가공제를 적용함.
아. 통합투자세액공제 신설에 따라 기존 중소기업등 투자세액공제, 특정시설 투자세액공제, 의약품품질관리개선시설 투자세액공제, 신성장기술 사업화시설 투자세액공제 및 초연결네트워크구축시설 투자세액공제 제도를 폐지함.
< 고용지원을 위한 조세특례 >
자. 경력단절 여성의 재고용을 지원하기 위하여 경력단절 여성을 재고용한 중소·중견기업에 적용하는 세액공제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
차. 중소·중견기업의 육아휴직 활성화를 위하여 육아휴직 후 복직한 근로자의 인건비 세액공제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 복직한 날부터 1년 내에 육아휴직 복귀자와 근로관계를 종료하는 경우 공제받은 세액에 이자상당액을 가산하여 납부하여야 했으나, 앞으로는 공제받은 세액만 납부하도록 함.
카. 근로소득 증대를 위하여 3년 평균 임금 증가율을 초과하는 임금 증가 기업에 적용하는 세액공제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
타. 기업의 고령자 고용에 대한 지원을 확대하기 위하여 직전 과세연도 대비 상시근로자 수가 증가한 기업에 대해 적용하는 세액공제 우대 대상에 청년, 장애인, 국가유공자 외에 60세 이상 근로자를 추가함.
파. 비정규직 근로자의 정규직 전환을 지원하기 위하여 기간제근로자등을 정규직으로 전환한 경우 중소ㆍ중견기업에 적용하는 세액공제의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 1년 연장하고, 전환대상자를 2019년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 등에서 2020년 6월 30일 당시 고용하고 있는 기간제근로자 등으로 변경하는 한편, 정규직 근로자로 전환 후 2년이 지나기 전에 근로관계를 종료하는 경우 공제받은 세액에 이자상당액을 가산하여 납부하여야 했으나, 앞으로는 공제받은 세액만 납부하도록 함.
< 기업구조조정을 위한 조세특례 >
하. 다주택자가 법인 전환을 통해 양도시 발생하는 양도차익에 대한 양도소득세 중과규정을 회피하는 것을 방지하기 위하여 사업용 고정자산 출자 등을 통해 법인으로 전환할 경우 이월과세 특례 적용이 가능한 사업용 고정자산의 범위에 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리를 제외함.
거. 공장 신설 이외 사업전환 중소기업에 대한 세액감면은 낮은 실효성 등을 이유로 2018년 12월 31일에 적용기한이 이미 종료된 점을 감안하여 공장 신설의 경우에도 이에 맞추어 적용기한을 종료함.
< 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 >
너. 대도시 소재 공장을 대도시 밖으로 이전하기 위하여 공장의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해 과세이연(5년 거치 5개 사업연도 분할익금 산입) 받을 수 있는 양도기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
더. 수도권과밀억제권역 소재 본점이나 주사무소를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 본 점 또는 주사무소의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해 과세이연(5년 거치 5개 사업연도 분할익금 산입) 받을 수 있는 양도기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
러. 국토균형발전을 지원하기 위하여 지방이전기업에 대한 세액감면제도의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장하며, 공장 이전 세액감면과 본사 이전 세액감면으로 조문을 정리하고 과 도한 감면 혜택을 방지하기 위하여 공장 및 본사 이전 후 지역경제에 미치는 효과등을 고려하 여 투자누계액의 50%와 상시근로자수 1인당 1,500만원(청년상시근로자 및 서비스업의 경우 1인 당 2,000만원)의 합계액을 감면한도로 신설함.
머. 8년 이상 직접 축산업을 영위한 자가 해당 축산업을 폐업하고 축사와 축사용지를 양도함에 따 라 발생하는 소득에 대한 조세특례 적용기한을 2년 연장함.
버. 어업인 또는 수산종자생산업자가 8년 이상 양식업 등에 토지를 사용한 경우 해당 어업용 토지 를 양도함에 따라 발생하는 소득에 대한 조세특례 적용기한을 2년 연장함.
서. 산지를 직접 경영한 임업인이 소유 산지를 양도함에 따라 발생하는 소득에 대한 조세특례 적 용기한을 2년 연장함.
어. 영농자녀가 증여받는 농지 등에 대한 증여세 감면 특례의 적용기한을 2년 연장함. < 공익사업지원을 위한 조세특례 >
저. 조합법인 등에 대한 과세특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장하되, 그 적용대 상에서 직전 사업연도 기준 수입금액이 1천억원을 초과하거나 자산총액이 5천억원을 초과하는 법인은 제외함.
처. 개발제한구역 내의 매수대상 토지 등을 양도함으로 발생하는 소득 및 개발제한구역에서 해제된 토지 등을 매수청구 또는 수용으로 발생하는 양도소득에 대한 조세특례 적용기한을 2년 연장 함.
커. 중소기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지역 또는 기존에 운영하던 공장을 동일 산업단지 내로 이전할 경우 발생하는 양도차익에 대한 조세특례 적용 기한을 2년 연장함.
< 저축 지원을 위한 조세특례 >
터. 이월결손금 공제한도를 적용받는 법인이 우리사주조합에 지출하는 기부금의 손금산입 한도액 계산시 공제하는 이월결손금에 기준소득금액의 60% 한도를 설정함.
퍼. 국민의 자산형성을 지원하기 위하여 개인종합자산관리계좌의 가입대상을 확대하고 계약기간 요건 완화, 납입한도 이월, 운용기관 및 운용재산 확대 등 제도를 개편함.
허. 서민에 대한 저축지원을 유지하기 위하여 농어가목돈마련저축, 비과세종합저축, 조합 등 예탁금, 조합 등 출자금에 대한 조세특례 적용기한을 2년 연장함.
< 국민생활의 안정을 위한 조세특례 >
고. 월세액에 대하여 12%의 세액공제를 적용받을 수 있는 종합소득금액 기준 요건을 4천만원 이하에서 4천500만원 이하로 조정함.
노. 8년 장기임대주택을 양도시 발생하는 양도차익에 대한 장기보유특별공제율 적용상 특례가 적용되는 기간이 해당 주택을 임대한 기간으로 한정됨을 명확히하는 한편, 2022년 12월 31일까지 등록한 임대주택에 한정하여 적용되는 동 특례의 적용기한을 2년 단축하여 2020년 12월 31일까지 등록한 임대주택에 한정하여 조세특례를 부여함.
도. 도시 인구 및 자금의 농어촌 유입을 촉진하기 위하여 농어촌주택 및 고향주택의 취득 당시 해당 주택의 대지면적을 660m2로 제한하고 있는 규정을 삭제하되, 부동산 투기에 활용되지 않도록 농어촌 주택으로 인정하지 않는 취득 주택의 소재지역을 종전 투기지역에서 조정대상지역으로 변경함.
< 근로·자녀 장려를 위한 조세특례 >
로. 근로장려금 가구요건 판정시 직계존속이 중증장애인인 경우 직계존속에 대해 연령요건을 적용하지 않도록 함.
모. 현재 거주자·배우자 간 상호합의로 근로장려금을 신청할 자를 정할 수 있으므로, 불필요한 주소득자 규정을 삭제함.
보. 거주자가 동의할 경우, 관할 세무서장이 근로·자녀장려금을 직권신청할 수 있도록 함.
소. 반기 근로장려금 지급기한을 반기 근로장려금 결정일로부터 20일 이내에서 15일 이내로 단축함.
< 투자·상생협력 촉진을 위한 조세특례 >
오. 기업의 소득 중 투자·임금증가·상생협력을 위한 지출액이 소득의 일정액에 미달하는 경우 미달액에 대해 추가 과세하는 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 초과환류액의 이월기간을 다음 사업연도에서 그 다음 2개 사업연도까지로 확대함.
< 그 밖의 직접국세 특례 >
조. 양도소득세의 전자신고율을 제고하기 위하여 전자신고 세액공제 대상에 양도소득세를 포함하되, 기타 세목의 전자신고율이 크게 개선됨 점을 감안하여 현재 일몰없이 운영 중인 전자신고세액공제의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 신설함.
초. 육상ㆍ탁구 등 40여개 종목의 운동경기부를 설치한 내국법인에 대해 3년간 운영비용의 100분의 10에 상당하는 금액(장애인운동경기부의 경우 5년간 운영비용의 100분의 20에 상당하는 금액)을 법인세에서 공제하는 특례의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 신설함.
코. 해외진출기업의 국내 복귀를 지원하기 위하여 국외 사업장을 부분 축소하는 경우의 국외 사업장 생산량 축소 요건은 삭제하되, 국외사업장 생산량 축소에 따른 감면대상 소득 한도를 신설함.
토. 주거정비사업 시공자 등이 추진위원회 또는 조합에 대한 채권을 포기하는 경우 해당 채권가액의 손금산입 허용 특례 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 1년 연장함.
포. 금융회사 등이 증권시장안정펀드에 투자하여 해당 증권을 모두 환매한 결과 투자손실이 발생한 경우 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액(투자손실의 100분의 25 한도)을 최종 환매한 날이 속하는 사업연도의 법인세에서 공제하는 특례를 신설함.
호. 프로젝트금융투자회사가 2022년 12월 31일까지 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 소득금액에서 공제하는 특례를 신설함.
구. 법인 전환ㆍ신설 후 유보를 통해 소득세를 회피하는 사례를 방지하기 위하여 최대주주 등과 그와 특수관계에 있는 자가 보유한 주식등의 합계가 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80을 초과하는 경우 해당 내국법인의 초과유보소득은 그 주주등이 배당받은 것으로 간주하는 제도를 신설함.
< 간접국세에 대한 특례 >
누. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 상 사업시행자가 면세사업을 할 목적으로 국가 및 지자체에 공급하는 도시철도 등 사회기반시설 또는 그 건설용역은 부가가치세 영세율이 아닌 면제대상임을 명확히 규정하기 위하여 사업시행자가 국가 등에 직접 공급하는 도시철도건설용역은 부가가치세 영세율 대상에서 제외하고, 사업시행자가 면세사업을 하기 위하여 BTO 등의 방식으로 국가 등에 공급하는 사회기반시설 또는 그 건설용역은 부가가치세 면제대상임을 명시함.
두. 부가가치세 영세율 적용대상 도시철도건설용역에 한국철도공사에게 직접 공급하는 도시철도건설용역을 추가함.
루. 농어업용 기자재 등에 대한 부가가치세 영세율 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
무. 농어업용 기자재 등에 대한 부가가치세 환급 추징사유 중 세금계산서 발급시기를 보완함.
부. 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 공급하는 석유류에 대한 부가가치세 및 개별소비세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
수. 관리주체, 경비업자, 청소업자가 국민주택규모 초과 공동주택에 공급하는 일반관리용역, 경비용역, 청소용역에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
우. 온실가스배출권, 외부사업 온실가스 감축량 및 상쇄배출권에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
주. 시내버스 및 마을버스 운송사업용으로 공급하는 전기버스에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 「환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률」의 용어정비에 맞춰 ‘연료전지자동차’를 ‘수소전기자동차’로 변경함.
추. 개인택시운송사업용으로 간이과세자에게 공급하는 자동차에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
쿠. 영유아용 기저귀 및 분유에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
투. 농·임업인에게 제공되는 목재펠릿에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
푸. 농·어민이 직접 수입하는 농·어업용 기자재에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
후. 연안여객선박용 석유류에 대한 부가가치.세 등 면제 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
그. 외국인관광객 숙박용역에 대한 부가가치세 환급 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
느. 외국인관광객 미용성형 의료용역에 대한 부가가치세 환급 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
드. 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등으로부터 중고자동차를 취득하여 제조·가공·공급하는 경우 취득가액의 10/110에 상당하는 금액을 매입세액으로 공제하는 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
르. 전기자동차에 대한 개별소비세 감면기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
므. 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 공급하는 석유류에 대한 개별소비세 면제 과세특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
브. 환경규제 강화에 따라 중유에서 경유로 유종 전환한 선박들의 유류비 부담 증가를 한시적으로 완화하기 위하여 유종전환 선박에 사용할 목적으로 공급하는 경유에 부과되는 유류세를 2021년 1월 1일부터 2022년 12월 31일까지 2년간 15% 감면함.
스. 전통주 또는 소규모 주류의 판로확대 및 관광산업 활성화를 위하여 전통주 또는 소규모 주류제조장을 방문한 외국인 관광객이 해당 제조장에서 제조한 주류를 구매하는 경우에도 주세를 면제함.
으. 시장조성자가 양도하는 주식에 대한 증권거래세 면제 적용기한을 2년 연장하고, 면제대상을 대통령령으로 위임함.
< 그 밖의 조세특례 >
즈. 부가가치세 영세율이 적용되고, 주세가 면제되는 입국장 면세점 판매물품을 “내국물품”에서 “물품”으로 명확화 하는 등 관련 조문을 정비함.
츠. 입국장 인도장을 활성화하기 위하여 보세판매장에서 구입하여 입국장 인도장에서 인도받는 물품에 대하여 부가가가치세 영세율을 적용하고 주세를 면제함.
크. 지역개발사업구역 또는 지역활성화지역으로서 낙후지역의 인근지역 내에 창업 또는 사업장을 신설하는 기업 및 낙후지역 내 「주한미군 공여구역주변지역 등 지원 특별법」에 따라 국가·지자체·공기업 등이 추진하는 사업을 위하여 창업 또는 사업장을 신설하는 기업을 법인세 등 감면대상으로 포함함.
트. 수협 중앙회가 공급하는 명칭사용용역 및 수협은행이 조합·중앙회에 공급하는 전산용역 등에 대한 부가가치세 면제 특례의 적용기한을 2021년 12월 31일까지로 1년 연장함.
프. 신용카드등 사용금액에 대한 소득공제 한도를 2020년 과세기간에 대해서는 총급여액이 7천만원 이하인 경우 300만원에서 330만원으로, 총급여액이 7천만원 초과 1억2천만원 이하인 경우 250만원에서 280만원으로, 총급여액이 1억2천만원 초과인 경우 200만원에서 230만원으로 각각 상향 조정함.
흐. 현금영수증사업자가 현금영수증가맹점의 현금영수증 결제 건수 등에 따라 부가가치세액을 공제받을 수 있는 과세특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 신설함.
기. 과세형평을 제고하기 위하여 금융소득종합과세대상자에 대하여 신규 가입가능한 저축지원 조세특례 적용을 배제함.
니. 문화비로 지출한 접대비에 대해 접대비 한도액의 100분의 20에 상당하는 추가 한도를 적용하여 손금산입하는 특례의 적용기한을 2022년 12월 31일까지로 2년 연장함.
디. 투자세액공제 등의 실효성을 제고하기 위하여 납부세액이 없거나 최저한세가 적용되어 공제받지 못한 모든 공제세액의 이월공제기간을 10년으로 확대·통일함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2020년 8월 12일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 jeonhs21@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : jeonhs21@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4136, 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다.
법령안
(법령안)조세특례제한법 일부개정법률(안).pdf
(법령안)조세특례제한법 일부개정법률(안).hwp
규제영향분석서
첨부파일없음
참고·설명자료(조문별 제·개정 이유서 등)
조문별 제개정이유서.hwp
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