비영리법인이 고유목적사업과 관련하여 지출한 부가금을 이자비용으로서 직접 수익사업의 손금으로 산입하는 것이 허용되는지가 문제된 사건[대법원 2020. 5. 28. 선고 중요판결]
2018두32330 법인세경정거부처분취소 (다) 파기환송
[비영리법인이 고유목적사업과 관련하여 지출한 부가금을 이자비용으로서 직접 수익사업의 손금으로 산입하는 것이 허용되는지가 문제된 사건]
◇비영리법인이 고유목적사업과 관련하여 지출한 부가금을 고유목적사업준비금을 계상하는 방법이 아니라 직접 수익사업의 손금(이자비용)으로 산입하는 것이 허용되는지 여부(소극)◇
구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리법인의 각 사업연도 소득은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라고 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항은 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 해당 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하도록 규정하고 있다.
한편 구 법인세법 제29조 제1항은 비영리법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제3항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결 등 참조).
위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다.
☞ 비영리법인인 원고가 고유목적사업과 관련하여 지출한 부가금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 직접 수익사업의 손금으로 산입한 사안에서, 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐이라는 이유로, 원심판결을 파기한 사례임
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